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數字灌區決策目標是提高灌區用水的經濟效益。獲得灌區內用水量具體數據，實現設備的測控和灌水對象的模擬，有了這些基礎才能進行科學決策。實現主干（渠）管在支管引出水口處安裝水肥一體化和用水測控設備，解決用水戶測控設備安裝難的一個方法是根據“以肥調水,以水促肥” 的原理，用節水節肥的灌溉施肥方式吸引農戶加入管網，通過水溶性肥料的使用，讓農戶使用后得到增加產量和提高品質的好處。推廣直接在農戶灌溉系統的首部安裝水量計量設備實現用水計量和水費累計。數字灌區系統自動完成各取水節點的灌溉用水計量和自動完成水費收取，灌溉首部自動完成泵站抽水和關閉。或對于渠道系統采用建設放水口及渠道水流量測控工程設備，實現用水量數據收集。
實現數字灌區決策的總體目標是：
（1）明確灌溉用水指標，制定階梯水價，實施節獎超罰，對采用節水灌溉實施補貼，引導農業用水戶增強自主節水意識，改變農業生產粗放用水方式，減少農業面源污染物的排放。
（2）通過供水水源工程和數字灌區系統建設，進一步提高灌溉保障能力。結合土地流轉和農業經營方式轉變，探索建立分類水價制度，促進農業種植業結構調整，引導發展用水量小的高效農作物生產。
（3）利用數字灌區通過農業水價綜合改革，帶動農田水利設施產權和管護制度改革，頒發工程產權證、使用權證，簽訂工程管護協議書，明確責任主體，落實管護責任和經費，加快建立農田水利良性運行機制。
（4）以數字灌區為手段，通過計量設施配置，實現科學、先進、實用、高效用水管理。推行用水管理制度創新、節獎超罰制度、精準補貼政策，調動農民參與改革的積極性，通過水肥一體化系統的導入讓農民增產增收，降低灌溉用水成本，降低灌溉用水總量。
利用云計算技術和物聯網技術建立渠系或輸水管道的用水計量和管網的模擬，“在線測控”系統，實現實時測控與動態預測，實現灌溉水的優化分配和測控管理，水資源的優化調度和高效利用，提升高效灌溉節水率是灌區升級改造的最終目標。
